｜研究生院

｜國土資源工程學院

｜冶金與能源工程學院

｜材料科學與工程學院

｜機電工程學院

｜電力工程學院

｜信息工程與自動化學院

｜建筑工程學院

｜建筑與城市規劃學院

｜環境科學與工程學院

｜化學工程學院

｜人文社科研究院

｜生命科學與醫學學部

｜醫學院

 生命科學與技術學院

農業與食品學院

 靈長類轉化醫學研究院

 校醫院

｜理學院

｜法學院

｜云南省地方立法研究院

｜馬克思主義學院

｜藝術與傳媒學院

｜城市學院

｜管理與經濟學院

｜外國語言文化學院

｜國際學院

｜民航與航空學院

｜交通工程學院

｜云南工業干部學院

｜繼續教育學院

｜公共安全與應急管理學院

｜計算中心

｜體育部

｜創新發展研究院

9個附屬醫院

｜云南省第一人民醫院

｜西雙版納州人民醫院

｜普洱市人民醫院

｜麗江市人民醫院

｜攀鋼集團總醫院

｜文山州人民醫院

｜玉溪市第二人民醫院

｜解放軍第59醫院

｜曲靖市婦幼保健院

3個應用人才培養基地

｜楚雄應用人才培養基地（楚雄技師學院）

｜云南國土資源職業學院培養基地（陽宗海）

｜建筑應用人才培養基地（大理）